ちょっと修正。
Editor.ReplaceAll() を使わない仕様になりました。
これにより置換中のプログレスがなくなり、ハイライトも消えません。

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CommentAdd.js
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/*
 * @file   CommentAdd.js
 * @brief  選択範囲、もしくはカーソル行をコメントアウトするサクラエディタマクロ
 * @author phodra
 *
 * maru氏作成の同様のマクロを改変したもの。
 *  http://sakura.qp.land.to/?Macro%2F%C5%EA%B9%C6%2F64
 *
 * ・各折り返しモード対応。
 * ・検索マークがちらつかない。
 * ・終了時に選択範囲を復元する。
 *
 *** 2015/01/03 0.2  Editor.ReplaceAll() を使用しない
 *** 2015/01/01 0.1  Editor.ReplaceAll() を使用するバージョン
 *
 */

(function(){

    // エディタがビューモード(読み取り専用)なら終了。
    if( Editor.ExpandParameter("${R?r$:$:$}") == "r" ) return;
    // 拡張子別にコメントステートメントを定義
    var comment = new Array();
    comment["cpp"]  = "//"; comment["c"]    = "//"; comment["h"]    = "//";
    comment["js"]   = "//"; comment["java"] = "//";
    comment["php"]  = "//"; comment["uws"]  = "//";
    comment["mac"]  = "//"; comment["ppa"]  = "//";
    comment["vbs"]  = "'";  comment["bas"]  = "'";  comment["frm"]  = "'";
    comment["cls"]  = "'";  comment["vb"]   = "'";
    comment["cgi"]  = "#";  comment["pl"]   = "#";  comment["pm"]   = "#";
    comment["asm"]  = ";";  comment["ini"]  = ";";  comment["inf"]  = ";";
    comment["cnf"]  = ";";  comment["conf"] = ";";
    comment["tex"]  = "%";
    comment["cmd"]  = "REM ";
    comment["bat"]  = "REM ";
    comment["txt"]  = "　"; comment["noext"] = "　";

    // 拡張子を切り出し
    var fname = Editor.ExpandParameter("$f");
    var ext = fname.substring( fname.lastIndexOf(".") + 1);
    ext = ext==fname? "noext": ext.toLowerCase();
    // 登録されていない拡張子であれば終了。
    if( comment[ext] == null ) return;

    // ちらつき防止
    Editor.SetDrawSwitch(0);

    // 選択モード（この変数は復元する際にも使用する）
    var selmode = Editor.IsTextSelected();
    if( selmode ){ // 選択状態
        // レイアウト座標を取得
        var lay_fl = Editor.GetSelectLineFrom();
        var lay_tl = Editor.GetSelectLineTo();
        // レイアウト座標をロジック座標に変換
        //  選択位置のロジック座標を取得する関数はない？
        var fl = Editor.LayoutToLogicLineNum( lay_fl );
        var tl = Editor.LayoutToLogicLineNum( lay_tl );
        var fc = Editor.LineColumnToIndex( lay_fl, Editor.GetSelectColmFrom() );
        var tc = Editor.LineColumnToIndex( lay_tl, Editor.GetSelectColmTo() );
        //  行選択でマクロに入った場合、一つ上の行までにする
        var endl = tc==1? tl-1: tl;
 
        // 範囲内の行を配列としてとる
        var lines = new Array();
        var str = "";
        for( var i=fl; i<=endl; i++ ){
            str = Editor.GetLineStr(i)
            lines.push( comment[ext] + str );
        }
 
        // 必要な範囲を行選択
        Editor.MoveCursor( fl, 1, 0);
        Editor.MoveCursor( endl, str.length+1, 1);

        // 選択範囲を上書き
        Editor.InsText( lines.join("") );

        // 選択範囲を復元
        Editor.MoveCursor( fl, fc+comment[ext].length, 0);
        Editor.MoveCursor( tl, tc==1? tc: tc+comment[ext].length, selmode);
    }else{ // 選択していない
        // ロジック座標を取得
        //  選択範囲がないのでレイアウトから変換する必要はない
        var l = parseInt(Editor.ExpandParameter("$y"));
        var c = parseInt(Editor.ExpandParameter("$x"));

        // 行頭に移動
        Editor.MoveCursor( l, 1, 0);
        // コメントステートメントを挿入
        Editor.InsText(comment[ext]);

        // 位置を復元
        Editor.MoveCursor( l, c+comment[ext], selmode);
    }

    // 描画フラグを戻してから再描画
    Editor.SetDrawSwitch(1);
    Editor.ReDraw(0);

})();

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CommentRemove.js
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/*
 * @file   CommentRemove.js
 * @brief  選択範囲、もしくはカーソル行のコメントを外すサクラエディタマクロ
 * @author phodra
 * 
 * maru氏作成の同様のマクロを改変したもの。
 *  http://sakura.qp.land.to/?Macro%2F%C5%EA%B9%C6%2F64
 * 
 * ・各折り返しモード対応。
 * ・検索マークがちらつかない。
 * ・終了時に選択範囲を復元する。
 * 
 *** 2015/01/03 0.2  Editor.ReplaceAll() を使用しない
 *** 2015/01/01 0.1  Editor.ReplaceAll() を使用するバージョン
 * 
 */
(function(){

    // エディタがビューモード(読み取り専用)なら終了。
    if ( Editor.ExpandParameter("${R?r$:$:$}") == "r") return;
    // 拡張子別にコメントステートメントを定義
    var comment = new Array();
    comment["cpp"]  = "//"; comment["c"]    = "//"; comment["h"]    = "//";
    comment["js"]   = "//"; comment["java"] = "//";
    comment["php"]  = "//"; comment["uws"]  = "//";
    comment["mac"]  = "//"; comment["ppa"]  = "//";
    comment["vbs"]  = "'";  comment["bas"]  = "'";  comment["frm"]  = "'";
    comment["cls"]  = "'";  comment["vb"]   = "'";
    comment["cgi"]  = "#";  comment["pl"]   = "#";  comment["pm"]   = "#";
    comment["asm"]  = ";";  comment["ini"]  = ";";  comment["inf"]  = ";";
    comment["cnf"]  = ";";  comment["conf"] = ";";
    comment["tex"]  = "%";
    comment["cmd"]  = "REM ";
    comment["bat"]  = "REM ";
    comment["txt"]  = "　"; comment["noext"] = "　";

    // ちらつき防止
    Editor.SetDrawSwitch(0);

    //拡張子を切り出し
    var fname = Editor.ExpandParameter("$f");
    var ext = fname.substring( fname.lastIndexOf(".") + 1);
    ext = ext==fname? "noext": ext.toLowerCase();
    // 登録されていない拡張子であれば終了。
    if( comment[ext] == null ) return;

    // 置換対象にする部分の正規表現
    //  なぜかエスケープしないといけない
    var uncmt = new RegExp("\(\^\\s\*\?\)" + comment[ext]);
    // 選択モード（この変数は復元する際にも使用する）
    var selmode = Editor.IsTextSelected();
 
    if( selmode ){ // 選択状態
        // レイアウト座標を取得
        var lay_fl = Editor.GetSelectLineFrom();
        var lay_tl = Editor.GetSelectLineTo();
        // レイアウト座標をロジック座標に変換
        //  選択位置のロジック座標を取得する関数はない？
        var fl = Editor.LayoutToLogicLineNum( lay_fl );
        var tl = Editor.LayoutToLogicLineNum( lay_tl );
        var fc = Editor.LineColumnToIndex( lay_fl, Editor.GetSelectColmFrom() );
        var tc = Editor.LineColumnToIndex( lay_tl, Editor.GetSelectColmTo() );
        //  行選択でマクロに入った場合、一つ上の行までにする
        var endl = tc==1? tl-1: tl;

        // 範囲内の行を配列としてとる
        var lines = new Array();
        var reped = new Array();
        var str = "";
        var cnt = 0;
        for( var i=fl; i<=endl; i++ ){
            str = Editor.GetLineStr(i);
            var rep = str.replace( uncmt, "$1" );
            lines.push( str );
            reped.push( rep );
            if( str == rep ) cnt++;
        }

        // 処理していない行が全体の行数に等しいときは何もしない
        if( cnt < reped.length ){
            // 必要な範囲を行選択
            Editor.MoveCursor( fl, 1, 0);
            Editor.MoveCursor( endl, str.length+1, 1);
 
            // 選択範囲を上書き
            Editor.InsText( reped.join("") );

            // 範囲復元時のX位置
            //  コメントステートメントより後ならコメントステートメントの字数分ずらす
            //  コメントステートメントの中ならコメントステートメントが現れた位置
            //  コメントステートメントより前ならそのままの位置
            var idx = lines[0].indexOf( comment[ext] );
            var gap_f =
                fc>idx+comment[ext].length? fc-comment[ext].length:
                fc>idx+1? idx+1:
                fc;
            idx = lines[lines.length-1].indexOf( comment[ext] );
            var gap_t =
                tc>idx+comment[ext].length? tc-comment[ext].length:
                tc>idx+1? idx+1:
                tc;
            // 選択範囲を復元
            Editor.MoveCursor( fl, gap_f, 0);
            Editor.MoveCursor( tl, gap_t, selmode);
        }
    }else{ // 選択していない
        // ロジック座標を取得
        //  選択範囲がないのでレイアウトから変換する必要はない
        var l = parseInt(Editor.ExpandParameter("$y"));
        var c = parseInt(Editor.ExpandParameter("$x"));
        // 対象行の文字列を取得
        var str = Editor.GetLineStr(l);
        // コメントステートメントを除去した文字列
        var rep = str.replace( uncmt, "$1" );

        if( str != rep ){
            // 行選択
            Editor.MoveCursor( l, 1, 0);
            Editor.MoveCursor( l, str.length+1, 1);

            // 置換した文字列で上書き
            Editor.InsText( rep );

            // 復元時のカーソルX位置
            //  コメントステートメントより後ならコメントステートメントの字数分ずらす
            //  コメントステートメントの中ならコメントステートメントが現れた位置
            //  コメントステートメントより前ならそのままの位置
            var idx = str.indexOf( comment[ext] );
            var gap =
                c>idx+comment[ext].length? c-comment[ext].length:
                c>idx+1? idx+1:
                c;
            // カーソル位置を復元
            Editor.MoveCursor( l, gap, selmode);
        }
    }

    // 描画フラグを戻してから再描画
    Editor.SetDrawSwitch(1);
    Editor.ReDraw(0);

})();