タイトルがあれで見つけにくいですが、矩形選択のこれと同根です。
http://sakura-editor.sourceforge.net/cgi-bin/cyclamen/cyclamen.cgi?log=data&v=8060#8060

それのパッチが一応ここにあります。
http://sourceforge.net/p/sakura-editor/patchunicode/1006/

単語の端に移動(Ctrl+←/Ctrl+→)の件については知りませんでしたが
これは意図された変更のようなんですね。

    // 矩形選択で、EOLより右側のときは１カラム単位で左移動
    // 矩形選択/フリーカーソルで、EOLより右側のときは１カラム単位で右移動
    http://sourceforge.net/p/sakura-editor/code/4035/#diff-6

EOLより後ろのカーソル移動量を従来通り１カラム単位とするなら
EOLより後ろの単語単位カーソル移動も従来通り文字通り単語単位
にするのがいいような気がしますが、どうでしょうね(チラッ

他人の仕事をばっさり削除するだけの簡単なおしごと、というのは
その実、簡単でもなんでもないと思います。