※午前5時台に返信があると思わなかったので、元返信を一部修正しています。
了解しました。三点リーダーを置換する場合も書いておきます。
ここでは 置換前 → 置換後 という意味の矢印です。

三点リーダーなら3つめの方法、全置換3回で何とかなると思います。

…… → ＊
… → ＊
＊ → ……

これで、奇数の場合は1つ…を増やして偶数個になります。
「＊」は文章中に出ない文字列なら何でも構いません。
「※目印」とか「xxxx」とかでもいいです。

奇数個の三点リーダーを検索、強調表示、一度に置換したいなら、以下の正規表現をコピペして使ってください。
否定戻り読み、否定先読みを使っています。前後が…でないという意味です。
置換後の$&はマッチ文字列全体を表します。

(?<!…)(……)*(…)(?!…) → $&…

なお、ご存知かもしれませんが、小説の三点リーダーのチェックは、「ノベルチェッカー」という複数あるサイトで確認ができますので、それを使うのも便利です。
サクラでは上の呪文を正規表現キーワードに//kで囲って登録すると、書きながらのチェックもできます。
小説用タイプ別設定
http://sakura.qp.land.to/?Customize%2F%C5%EA%B9%C6%2F84
というのでも、確認できるはずです。

> …… → ＊
> … → ＊
> ＊ → ……
2chに書いてあったように、
…… → …
… → ……
で十分だった。。。