> patchを登録しました。
> http://sourceforge.net/p/sakura-editor/patchunicode/788/

ご対応ありがとうございます。
パッチを見たところ、
case PM_CHANGESETTING_TYPE:
  if( GetDocument()->m_cDocType.GetDocumentType().GetIndex() == wParam ){
    GetDocument()->OnChangeSetting();
  }
の後ろに処理を移動していて、それで問題は無さそうな感じですが、
if文の{}ブロックの後ではなく、内側でも良いのかな？と思いました。
いかがでしょうか。