タブの外観設定で「閉じるボタン」を有効にしておき、複数ファイルを開いた
状態からタブバー上の右端にある「閉じる」ボタン（▼の右にある×ボタン）で
現在のタブを閉じると、個々のタブの閉じるボタンすべてにボタンを囲む四角い
枠が描画されます。

隠れていたウィンドウが表示される際にもタブバー右端の「閉じる」ボタン上に
マウスカーソルがある状態になるので、それが影響しているのではないでしょうか。

CTabWnd.cpp(2592)
DrawBtnBkgnd( gr, &rcBtn, m_bCloseBtnHilighted );